體外消化系統可應用到營養學、毒理學、生理學及微生物學等各領域以及食品、藥品、保健品等各個行業。國內外對利用體外消化模型進行相關研究的認可度也越來越高。體外消化系統已被廣泛應用于食品消化過程中物理化學變化，營養物質的生物利用率，腸道運輸和代謝，脂質體等功能活性物質釋放與代謝，益生菌和益生元代謝分析，藥物緩釋釋放研究，重金屬污染物、真菌毒素等有毒物質的代謝研究，動物營養及代謝特性分析等多個領域。

　　人體胃腸道消化功能、能量代謝、疾病發生、免疫調節、營養物質消化吸收等均與腸道菌群息息相關。腸道菌群與機體間的相關作用及和對胃腸道消化吸收的影響，及對營養物質在人體胃腸道的代謝影響是目前的研究熱點，應用體外消化系統進行研究是一種有效的技術方法。通過人體糞便提取物可以構建人工腸道菌群。完整的體外消化系統應該包含穩定的、有生物活性的腸道菌群。體外仿真器官，人工消化液，人工腸道菌群等共同組成了完整的體外消化系統。體外消化系統在研究腸道微生態系統變化情況，營養物質或功能性組分在人體中的代謝變化等，是未來的熱點研究方向。